In termini di  sicurezza la presenza di un magnete relativamente forte è ciò che contraddistingue gli spettrometri NMR dalla maggior parte dell'attrezzatura di laboratorio. Quando si allestisce un laboratorio NMR o si addestra il personale che dovrà lavorare o avrà a che fare con il laboratorio, nessun'altra caratteristica è più importante. Purché vengano rispettate le procedure corrette, lavorare in prossimità di magneti superconduttori è completamente sicuro e non comporta effetti collaterali medici dannosi noti. La negligenza, tuttavia, può avere come conseguenza incidenti gravi.

Il  magnete è potenzialmente pericoloso a causa dei seguenti fattori: