En matière de  sécurité, c'est la présence d'un aimant relativement puissant qui différencie les spectromètres RMN de la plupart des autres équipements de laboratoire. Aucune autre caractéristique de l'appareil n'est plus importante lors de la conception du laboratoire ou de la formation du personnel qui travaille dans ou à proximité du laboratoire. Si les procédures sont respectées, le travail réalisé à proximité d'aimants supraconducteurs offre une sécurité entière et ne présente aucun effet secondaire d'un point de vue médical. Cependant, toute négligence peut occasionner de graves accidents.

Le danger potentiel que représente l'aimant  est dû à :