La  compensation de l'inhomogénéité magnétique ("shim") est une opération au cours de laquelle des corrections mineures du champ magnétique sont réalisées afin de le rendre le plus uniforme possible dans le volume occupé par l'échantillon. Une homogénéité accrue aura pour effet de fournir une meilleure résolution spectrale . Une nouvelle compensation est nécessaire après chaque changement de sonde ou d'échantillon. L'administrateur du système enregistre des valeurs de compensation appropriées (dans ce que l'on appelle des fichiers de compensation) pour chaque sonde, ce qui permet de réduire considérablement la durée de cette opération requise à chaque changement de sonde.