En términos de seguridad , lo que diferencia a los espectrómetros de RMN de la mayoría de los equipos de laboratorio es la presencia de un imán relativamente potente. Cuando se diseña un laboratorio de RMN, o se entrena al personal que trabajará en él o sus alrededores, ninguna otra característica tiene mayor relevancia. Si se cumplen los procedimientos correctos, trabajar en las cercanías de imanes superconductores es completamente seguro y no se conocen efectos secundarios dañinos para la salud humana. Las negligencias, sin embargo, pueden provocar accidentes serios.

El imán  es potencialmente peligroso debido a: