#!/bin/bash -f
#
#build cyana structure and  create .prot to fill in

export cyana="/opt/cyana-3.98.13/cyana"

$PWD/clean
touch link.upl

cp start.seq demo.seq

############################################################
### Build linker restraints and demo.seq
cat <<EOF > CALC.cya
cyanalib
read seq demo.seq
ornbond_dm ORN first=1 second=12
ornbond_dm ORN first=7 second=6 
exit
EOF

$cyana<CALC.cya
sleep 2

cat link.upl> link.lol

############################################################
### Read everthing and calc structure

cat <<EOF > CALC.cya
cyanalib
read seq demo.seq
read upl link.upl                       	# read upper distance bounds
read lol link.lol 	                	# read lower distance bounds
calc_all 8 steps=5000                 		# calculate conformers
overview demo.ovw structures=1 range=2-7 pdb 	# analyze and write best conformers
exit
EOF

$cyana < CALC.cya
sleep 5

pdb2prot.pl demo.pdb > start.prot

############################################################
############################################################
############################################################